Bien avant que le village n'existe, ces montagnes du haut Conflent ont a été habitées par des hommes préhistoriques qui nous ont laissé des roches gravées et de nombreux mégalithes, dont quelques uns se trouvent sur le territoire de Mosset.
A l'époque carolingienne le territoire de Mosset appartenait à l'Abbaye de Lagrasse puis au monastère de Cuixa.
En 1165, le fief est acheté par Guillaume de Domanova avec ses dépendances, Bastida et de Mas Cardà au roi Alphonse d'Aragon sous la suzeraineté du vicomte de Castelnou.
Du Xème au XIIIème siècle, l'habitat mossetan était relativement dispersé et se composait de quelques noyaux ecclésiaux.
 Le premier village de Mosset se situait à 3km en aval du village actuel, entre le monastère de Corbiac et le hameau de Brèzes, berceau de la famille seigneuriale de Mosset.

Progressivement, la population va se regrouper au sommet d'un éperon rocheux, à près de 700m d'altitude, autour du château, constituant ainsi le village actuel.
osset devient alors une place forte frontalière et s'entoure d'une muraille, dont les vestiges sont toujours visibles.

Au XVIème siècle, le donjon du château est reconstruit et perd sa fonction défensive pour devenir la résidence des seigneurs de la famille « de Mosset. »

Situé à la frontière des royaumes, le village eu un rôle naturellement important pour la surveillance de la frontière entre l'Aragon et la France .

Mais, en 1641 cette frontière devient virtuelle puisque la generalitat de Catalogne fait appel à Louis XIII, qu'elle proclame « comte de Barcelone, de Roussillon et de Cerdagne » En 1659 , par le Traité des Pyrénées. Mosset devient Française .

Don Joseph de Margarit, marquis d'Aguilar devient gouverneur de Catalogne pour Louis XIV, et en 1675 seigneur de Mosset. La nouvelle église de Saint-Julien et Sainte-Basilisse est reconstruite.

Le village a eu relations conflictuelles avec les barons de la seigneurie de la lignée des Marquis d'Aguilar . Les règles qu'a imposées le seigneur, à l'exemple des criées de 1772, sont de plus en plus insupportables.
La communauté de Mosset s'est battue contre les privilèges. Une rébellion a éclaté le 16 décembre 1737 contre le monopole seigneurial du four à pain. La Révolution a amené les premiers et seuls combats qu'ait connus le Département des Pyrénées Orientales avec l'invasion espagnole  de 1793 . Mosset a été pris et occupé du 17 août au 17 septembre 1793.

Après la Révolution et pendant des années Mosset se battra pour récupérer les forêts et les vacants qui ont été remis au dernier héritier du seigneur du village, Melchior d'Aguilar . Jusqu'en 1811 Mosset investira pour rien des sommes folles pour faire valoir ses droits. En 1806 deux gardes forestiers seront assassinés et 4 Mossétans seront condamnés au bagne de Roquefort et y mourront. Il faudra attendre 1861 pour que Mosset reçoive les vacants et la partie basse de la forêt. Et ainsi prend fin un différend de 561 ans qui puisait ses racines dans les usages stratae de la constitution de Barcelone de 1300.

Sur le plan économique, depuis le XVIIe siècle jusqu'au XIX° siècle , Mosset a connu un développement constant dû à ses moulins et forges diverses. L'activité industrielle apportée par le traitement du minerai de fer, grâce au bois des immenses forêts, a fait passer la population de 500 environ à 1350 personnes.

L'agriculture traditionnelle et l'élevage des ovins ont bénéficié de ce développement. Mosset a acquis une réputation pour ses pâturages et la qualité de ses pommes de terre, de ses haricots et plus tard de ses arbres fruitiers.

Enfin, il y a deux siècles, une apparition au-dessus de l’église, au sommet du clocher, a fait croire au miracle. Un pin sylvestre a grandi spontanément. Il a atteint 290 cm de haut. Il est unique en France. Il est le symbole de l’Histoire de Mosset.